【佳學基因檢測】腫瘤基因解碼篩選卵巢轉移基因用于檢測

腫瘤轉移基因檢測導讀：

卵巢癌是婦科常見的惡性腫瘤,超過75%的患者確診時已處于晚期,五年生存率低于30%。大多數患者在手術和化療后發(fā)生轉移。因此,尋找能區(qū)分反復高危患者的新生物標志物,并判斷這些標志物是否為潛在的治療靶點,是改善卵巢癌患者預后面臨的主要障礙。

DNA甲基化是重要的表觀遺傳調節(jié)方式,可以在不改變DNA序列的情況下改變基因表達。腫瘤抑制基因啟動子區(qū)CpG島異常甲基化是多種腫瘤的常見事件,可以激活癌癥相關通路,促進腫瘤發(fā)生發(fā)展。前期研究已經證實DNA甲基化在卵巢癌發(fā)生和進展中發(fā)揮重要作用。

在《腫瘤基因解碼篩選卵巢轉移基因用于檢測》的研究中,腫瘤基因檢測對卵巢癌細胞株A2780進行單細胞克隆,獲得低轉移潛能株A2780-E8和高轉移潛能株A2780-C9。通過減代表亞硫酸鹽測序和RNA測序技術,分析兩個細胞株的全基因組甲基化譜和轉錄組譜。結果發(fā)現兩個細胞株存在明顯不同的DNA甲基化模式和基因表達模式。綜合分析發(fā)現33個基因存在明顯的甲基化異常,可能與卵巢癌轉移相關。腫瘤基因檢測進一步驗證了SFRP1和LIPG在卵巢癌組織中的甲基化模式,結果顯示兩者在腹膜轉移性卵巢癌中甲基化較原發(fā)性卵巢癌增高。賊后,功能實驗確認SFRP1和LIPG在卵巢癌細胞中發(fā)揮腫瘤抑制作用,并依賴于啟動子區(qū)超甲基化導致的基因沉默。

綜上所述,腫瘤基因檢測通過對卵巢癌細胞株進行克隆篩選和表觀遺傳學分析,發(fā)現SFRP1和LIPG的啟動子區(qū)超甲基化可能是卵巢癌轉移的驅動事件。這為鑒定卵巢癌轉移相關生物標志物和藥物靶點提供了新的見解。未來還需在大樣本量的臨床樣本中驗證研究結論。  
 

腫瘤基因解碼篩選卵巢轉移基因用于檢測

卵巢癌是女性中第二常見的惡性腫瘤。超過75%的患者在出現一些模糊輕微的癥狀時被診斷出已處于晚期。晚期腫瘤女性患者的5年生存率低于30%。大多數患者在手術和化療后發(fā)展為轉移性疾病。因此,識別能夠區(qū)分反復高?；颊叩男律飿酥疚?并判斷這些生物標志物是否為潛在的治療靶點,是改善卵巢癌患者預后面臨的主要障礙。

DNA甲基化是一種主要的表觀遺傳修飾類型,它可以在不改變DNA序列的情況下改變基因表達。它主要發(fā)生在基因組中的胞嘧啶-磷酸-鳥嘌呤(CpG)二核苷酸的胞嘧啶殘基上。啟動子CpG島甲基化異常是癌癥發(fā)生和進展中的常見事件。它導致癌癥中許多重要途徑的紊亂,包括腫瘤抑制基因的失活、細胞周期控制的喪失、轉錄因子功能的改變、細胞間連接的破壞、基因組不穩(wěn)定性、代謝重編程、免疫抑制性腫瘤微環(huán)境等。

前期研究已經顯示DNA甲基化在卵巢癌發(fā)生和進展中發(fā)揮重要作用。幾個腫瘤抑制基因如BRCA1 、RASSF1A 、OPCML 和P16INK4a已被證實在卵巢癌中啟動子區(qū)域高度超甲基化。這種啟動子區(qū)域超甲基化也頻繁發(fā)生在編碼miRNA(如miR-34a和miR-30)以及轉錄因子(如KLF11和多聚環(huán)化合物靶標)的DNA區(qū)域。DNA甲基化改變與卵巢癌中的順鉑耐藥性和組織病理有關。

在《腫瘤基因解碼篩選卵巢轉移基因用于檢測》的研究中,腫瘤基因檢測對一個卵巢癌細胞系(A2780)進行了單細胞克隆,并建立了低轉移潛能和高轉移潛能的兩個細胞亞系。為了研究卵巢癌轉移的潛在機制,腫瘤基因檢測使用減代表亞硫酸鹽測序(RRBS)分析這兩個新建立的細胞亞系的全基因組DNA甲基化譜,使用RNA測序(RNA-seq)分析其轉錄組譜。通過整合DNA甲基化組和轉錄組分析,腫瘤基因檢測識別出33個甲基化異?；蚺c卵巢癌轉移潛在相關。腫瘤基因檢測進一步在腹膜轉移性卵巢癌組織與原發(fā)性卵巢癌組織中驗證了其中兩個基因(SFRP1和LIPG)的DNA甲基化模式。賊后,腫瘤基因檢測在實驗中確認了它們在卵巢癌細胞中的腫瘤抑制作用依賴于啟動子區(qū)超甲基化。

賊近的單細胞RNA測序研究揭示了不同癌癥細胞系內存在顯著的異質性,并識別出腫瘤與特定細胞系之間共享的異質性反復模式。在《腫瘤基因解碼篩選卵巢轉移基因用于檢測》的研究中,腫瘤基因檢測首先對卵巢癌細胞系A2780進行了單細胞克隆,并建立了兩個轉移能力明顯不同的細胞亞系(A2780-E8和A2780-C9)。接下來,腫瘤基因檢測在這兩個細胞亞系中進行了DNA甲基化組和轉錄組分析。低轉移潛能和高轉移潛能的兩個細胞亞系之間存在明顯不同的DNA甲基化模式和基因表達模式。 DNA甲基化組和轉錄組的綜合分析識別出33個DNA甲基化異常的基因與卵巢癌轉移潛在相關。然后,腫瘤基因檢測在卵巢癌組織中進一步驗證了這些基因的DNA甲基化模式。其中,與A2780-E8(低轉移潛能)相比,SFRP1和LIPG在A2780-C9(高轉移潛能)中呈高甲基化。與原發(fā)性卵巢癌相比,它們在腹膜轉移性卵巢癌中也呈高甲基化。SFRP1和LIPG表達較低的卵巢癌患者預后較差。賊后,腫瘤基因檢測隨后進行了基于細胞的體外和體內實驗以確認SFRP1和LIPG在卵巢癌細胞中的腫瘤抑制作用。從功能上講,SFRP1和LIPG的敲低促進了細胞生長和遷移,而它們的過表達產生了相反的效果。特別是SFRP1的敲低導致磷酸化GSK3β的增加和β-連環(huán)蛋白表達的增加,導致Wnt通路的失調激活。

SFRP1編碼分泌相關蛋白(SFRP)家族的一員,其包含一個類似Frizzled蛋白Wnt結合位點的半胱氨酸富集域。該家族成員充當Wnt信號的可溶性調節(jié)因子,在諸如細胞增殖、遷移、侵襲和分化等各種生物學過程中發(fā)揮重要作用。在SFRP成員中,SFRP1的表觀遺傳沉默在多種惡性腫瘤中已有描述,包括肝細胞癌、乳腺癌和非小細胞肺癌]。腫瘤基因檢測的研究揭示SFRP1啟動子區(qū)的超甲基化可能推動卵巢癌轉移。從機制上講,SFRP1的缺失導致Wnt通路的失調激活,從而促進卵巢癌的發(fā)展。

內皮脂肪酶(LIPG)是一種由高代謝和血管化組織的血管內皮細胞分泌的脂肪酶形式,如肝臟、肺臟、腎臟和甲狀腺。LIPG酶是許多生物過程如脂蛋白代謝和血管生物學的重要組成部分。然而,其在癌發(fā)生和腫瘤進展中的作用很少被報道。在有侵襲性的人類基底樣三陰性乳腺癌中,LIPG發(fā)生異常過表達并充當原癌基因推動腫瘤發(fā)起和轉移。相反,腫瘤基因檢測的研究顯示LIPG在腹膜轉移性卵巢癌中呈高甲基化。LIPG的敲低促進細胞生長和遷移,而LIPG的過表達產生相反作用,提示LIPG可能在卵巢癌中發(fā)揮腫瘤抑制作用。LIPG在腫瘤中的相互矛盾作用可能是由于其在癌癥中的依賴上下文的調節(jié)功能所致,這需要在未來的研究中進一步調查。

總之,在卵巢癌進展中檢測到許多系統(tǒng)性和重要的表觀遺傳學和轉錄組學改變。特別是SFRP1和LIPG在卵巢癌中發(fā)揮腫瘤抑制因子的作用,它們的表觀遺傳學沉默是卵巢癌轉移的潛在驅動事件。腫瘤基因檢測的數據還對卵巢癌轉移相關的表觀遺傳學和轉錄組學改變提供了新的見解,可能會推動識別生物標志物和用于預測和控制癌癥轉移的藥物靶點。